In Pelles C un progetto contiene i file sorgente e i comandi per creare un unico eseguibile. Ci sono diversi tipi di progetto, per i programmi eseguibili (.exe), per le librerie dinamiche (.dll), per le librerie statiche (.lib), così come per diversi sistemi operativi come Windows e Windows CE. Può essere attivo un solo progetto per volta, ma dalla versione 4.0 più progetti possono essere caricati in un workspace. Una volta caricato un progetto nell'IDE sarà visualizzato nella finestra progetti.