In Pelles C un progetto contiene i file sorgente e i comandi per creare un unico eseguibile. Ci sono diversi tipi di progetto, per i programmi eseguibili (.exe), per le librerie dinamiche (.dll), per le librerie statiche (.lib), così come per diversi sistemi operativi come Windows e Windows CE. Può essere attivo un solo progetto per volta, ma dalla versione 4.0 più progetti possono essere caricati in un workspace. Una volta caricato un progetto nell'IDE sarà visualizzato nella finestra progetti.

La finestra progetti presenta due viste: la vista sorgente (source view) e la vista destinazione (target view).

Si farà la maggior parte dei lavori in vista sorgente. Qui è possibile fare doppio clic su un file per aprirlo, o utilizzare il menù di scelta rapida per eseguire attività relative a progetti. La maggior parte dei compiti saranno anche disponibili nel menù Progetto. La vista di destinazione contiene i file di output che verranno creati durante la compilazione. Qui è possibile fare doppio clic su un file per compilarlo, o utilizzare il menu di scelta rapida per eseguire attività relative a progetti. La maggior parte dei compiti saranno anche disponibili nel menù Project.

Un progetto è memorizzato in un file di progetto (.ppj), con impostazioni aggiuntive per l'IDE in un file di estensione del progetto (.ppx). Un workspace è memorizzato in un file di lavoro (.ppw). Sono tutti file in formato testo che possono essere visualizzati con qualsiasi editor di testo.